Biofilm formation related genes of Acinetobacter baumannii

doi:10.3877/cma.j.issn.1674-1358.2021.02.010

Abstract

Abstract:

Objective

To investigate the different biofilm formation ability of clinical isolation of Acinetobacter baumannii (A. baumannii) biofilm related genes.

Methods

A total of 47 A. baumannii clinical isolates from January 2014 to January 2015 in the First Affiliated Hospital of Chengdu Medical College were collected to analyze the biofilm formation by crystal violet staining assay. The biofilm genes abaI, bap, pgaA, pgaB, pgaC, pgaD, csuA/B, csuA, csuB, csuC, csuD, csuE, bfmR, bfmS, pglC, pglL, gacS, H-NS and ompA were detected by polymerase chain reaction. The clinical isolates biofilm formation ability elated genes were analyzed by Pearson Chi-square to analysis or Chi-square test with continuous correction.

Results

Thirteen isolates exhibited biofilm formation ability among 47 clinical isolates, and seventeen genes were detected. The detection rates of gene ompA、pgaC、pgaD and bfmR were all 100% (47/47), respectively. The detection rates of pglL and H-NS were both 0 (0/47), the ratios of bap and csuD were 17.02% (8/47) and 53.19% (25/47), respectively. The detection rate of other gene was > 85% (40/47). The detection rates of gene bap, pgaB, csuA/B, csuA, csuB and csuD were 53.85%, 92.31%, 100%, 100%, 92.31% and 53.85% in positive strains, respectively, which were 2.94%, 85.29%, 91.18%, 97.06%, 88.24% and 52.94%, respectively in negative strains. The detection rate of csuA/B and csuB were both 100% in positive strains and were 91.18% and 97.06% in negative isolates, respectively. The detection rates of bap gene were significantly different between positive (53.85%, 7/13) and negative (2.94%, 1/34) strains, with significant difference (χ² = 13.838, P < 0.001), but there was no significant difference in the detection rates of other genes between positive and negative strains (all P > 0.05).

Conclusion

A. baumannii biofilm related gene bap may promote the ability of biofilm formation.

Key words: Acinetobacter baumannii, Biofilm, Gene

Fei Lin, Mingyong Yuan, Baodong Ling. Biofilm formation related genes of Acinetobacter baumannii[J]. Chinese Journal of Experimental and Clinical Infectious Diseases(Electronic Edition), 2021, 15(02): 129-132.

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Figures/Tables 2

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基因	引物	核酸序列（5'→3'）	长度（bp）
opmA	F	GTTAAAGGCGACGTAGACG	578
opmA	R	CCAGTGTTATCTGTGTGACC	578
abaI	F	GCCAGACTACTACCCACCAC	159
abaI	R	CACAGCCTGACTGCTAGAGG	159
bap	F	CAGCAACGGTTGTAGGGGTA	224
bap	R	AGCATCTGCCGAAGGATCTG	224
pgaA	F	AGTGCTGGAGCAAGGACAAA	358
pgaA	R	AAGCCGATCAACTTCAGCGA	358
pgaB	F	CATACTGCCCATCGCCATCT	856
pgaB	R	TCTGATTGGAAGCCCATTCGC	856
pgaC	F	GCTCACAACGGCTAATGCAG	892
pgaC	R	AGCTCCGCCTTATGATCAGC	892
pgaD	F	AGCGTACCTTTGGCCGTTTA	413
pgaD	R	GCTCACAACGGCTAATGCAG	413
csuA/B	F	CAGCAGCAACAGGTGGCAATA	167
csuA/B	R	AAGGTTTGTACGTGCAGCATCA	167
csuA	F	TCATGGGCTGCTTGACCAAA	431
csuA	R	AATGCGGGTGAAATTGGTGC	431
csuB	F	ATGCAGCAGATCCTCAGCTC	365
csuB	R	TGCCAGACGGTTTGTAGGTG	365
csuC	F	CAACTGCGGTTTGGCTTCAA	469
csuC	R	CGCGCAAACTTCTGACCATT	469
csuD	F	TGGCCTATCCGGTTCCCTAA	215
csuD	R	AATCGATTGGGTCGACGCTG	215
csuE	F	TCTATTCTGTGCCCGCAGTC	205
csuE	R	TCAAGCTTGGAAGCAAACGC	205
bfmR	F	ATGTTGCCGGGTGCAGAT	540
bfmR	R	TTACAATCCATTGGTTTCTTTAACAA	540
bfmS	F	TCGGCGGGTATTACCTTATTTAGCT	221
bfmS	R	GCCTCAATCAAACGCTGAATATGGT	221
PglL	F	GACGGTAGCTGTTGGGACAA	533
PglL	R	ACCCTAACCAAGGATGCTGC	533
GacS	F	CGTGTGTTGGGGCTTTTCTG	552
GacS	R	TGTCTGCATTGAGACGCTGT	552
H-NS	F	TTCTCTACGCTATCAGCGGC	236
H-NS	R	ACACCGCAGGATTCCATGTC	236
PglC	F	AGCAACCGACTTTTAGCCCC	773
PglC	R	CATGCTGGTGTAATGGCAGC	773

基因	引物	核酸序列（5'→3'）	长度（bp）
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基因	合计	生物被膜菌株		χ ²值	P值
基因	合计	阳性（13株）	阴性（34株）	χ ²值	P值
abaI	40（85.11）	10（76.92）	30（88.24）	0.949	0.330
bap	8（17.02）	7（53.85）	1（2.94）	13.838	< 0.001^a
pgaA	44（93.62）	12（92.31）	32（94.12）	0.052	0.820
pgaB	41（87.23）	12（92.31）	29（85.29）	0.415	0.519
pgaC	47（100.00）	13（100.00）	34（100.00）	—	—
pgaD	47（100.00）	13（100.00）	34（100.00）	—	—
csuA/B	44（93.62）	13（100.00）	31（91.18）	1.225	0.268
csuA	46（97.87）	13（100.00）	33（97.06）	0.391	0.532
csuB	42（89.36）	12（92.31）	30（88.24）	0.164	0.685
csuC	45（95.74）	12（92.31）	33（97.06）	0.521	0.470
csuD	25（53.19）	7（53.85）	18（52.94）	0.003	0.956
csuE	44（93.62）	12（92.31）	32（94.12）	0.052	0.820
bfmR	47（100.00）	13（100.00）	34（100.00）	—	—
bfmS	45（95.74）	12（92.31）	33（97.06）	0.521	0.470
pglC	42（89.36）	11（84.62）	31（91.18）	0.426	0.514
pglL	0（0.00）	0（0.00）	0（0.00）	—	—
gacS	45（95.74）	12（92.31）	33（97.06）	0.521	0.470
H-NS	0（0.00）	0（0.00）	0（0.00）	—	—
ompA	47（100.00）	13（100.00）	34（100.00）	—	—

基因	合计	生物被膜菌株		χ ²值	P值
基因	合计	阳性（13株）	阴性（34株）	χ ²值	P值
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