哈尔滨某三甲医院丙型肝炎病毒基因分型研究

doi:10.3877/cma.j.issn.1674-1358.2017.05.012

目的

分析哈尔滨某三甲医院丙型病毒性肝炎患者的HCV基因分型情况，为地区性丙型肝炎的防治提供理论依据。

方法

收集50例抗-HCV阳性患者血清标本，提取HCV RNA进行核心（core）片段扩增和DNA测序。根据测序结果，采用进化树方法对所得基因序列进行基因分型，获得入组丙型肝炎患者的基因分型情况。

结果

本研究中中42例患者的血清样本成功扩增出HCV core基因部分片段（+328 nt～+726 nt），其中各种HCV基因分型分布如下：基因分型结果1b型12份（28.57%），2a型29份（69.05%），3a型1份（2.38%）。

结论

哈尔滨某三甲医院丙型肝炎患者HCV的基因型最常见为HCV 2a型，其次为HCV 1b型，偶见HCV 3a型。

关键词: 肝炎, 丙型, 基因分型, 哈尔滨

Objective

To investigate the HCV genotype of patients with hepatitis C in a tertiary hospital in Harbin, and to provide theoretical basis for the prevention and treatment of regional HCV.

Methods

Serum samples were collected from 50 cases with anti-HCV positive, and HCV RNA was extracted for core fragment amplification and DNA sequencing. The genotype of the DNA sequence was performed by cladogram and then the genotype of HCV were obtained.

Results

The core fragment (+328 nt-+726 nt) of HCV was amplified in 42 cases among the 50 patients. There were 12 patients had genotype 1b (28.57%), 29 patients had genotype 2a (69.05%), 1 patient was 3a (2.38%).

Conclusion

The genotype of HCV 2a was the most common type in HCV patients in this hospital, followed by HCV 1b and occasionally HCV 3a.

Key words: Hepatitis C virus, Genotype, Harbin

表1 本研究应用主要仪器

仪器名称	产地
Mastercycler gradient PCR仪	德国Eppendorf
恒温水浴箱	北京金达阳光
NN-K563S微波炉	日本Panasonic
凝胶电泳仪	杭州博日公司
EC3凝胶成像系统	美国UVP公司
制冰机	日本三洋公司
高压蒸气灭菌器	日本三洋公司
超低温冰箱	日本三洋公司
普通冰箱	中国海尔公司
可调移液枪	德国Eppendorf
离心机	美国BECKMAN

表1 本研究应用主要仪器

仪器名称	产地
Mastercycler gradient PCR仪	德国Eppendorf
恒温水浴箱	北京金达阳光
NN-K563S微波炉	日本Panasonic
凝胶电泳仪	杭州博日公司
EC3凝胶成像系统	美国UVP公司
制冰机	日本三洋公司
高压蒸气灭菌器	日本三洋公司
超低温冰箱	日本三洋公司
普通冰箱	中国海尔公司
可调移液枪	德国Eppendorf
离心机	美国BECKMAN

表2 本研究应用的主要试剂（盒）

试剂名称	产地
QIA amp RNA Blood Mini Kit：Buffer AVL，Buffer AW1，Buffer AW2，Buffer AVE，Carrier-RNA	德国QIAGEN
普通rTaq酶	大连Takara生物工程有限公司
琼脂糖	大连Takara生物工程有限公司

表2 本研究应用的主要试剂（盒）

试剂名称	产地
QIA amp RNA Blood Mini Kit：Buffer AVL，Buffer AW1，Buffer AW2，Buffer AVE，Carrier-RNA	德国QIAGEN
普通rTaq酶	大连Takara生物工程有限公司
琼脂糖	大连Takara生物工程有限公司

表3 扩增HCV core基因部分片段引物序列

引物名称		引物序列	引物标记
外引物
	上游引物	5′-ACTGCCTGATAGGGTGCTTGC-3′	P1
	下游引物	5′-ATGTACCCCATGAGGTCGGC-3′	P₂
内引物
	上游引物	5′-AGGTCTCGTAGACCGTGCA-3′	P₃
	下游引物	5′-CATGTGAGGGTATCGATGAC-3′	P₄

表3 扩增HCV core基因部分片段引物序列

引物名称		引物序列	引物标记
外引物
	上游引物	5′-ACTGCCTGATAGGGTGCTTGC-3′	P1
	下游引物	5′-ATGTACCCCATGAGGTCGGC-3′	P₂
内引物
	上游引物	5′-AGGTCTCGTAGACCGTGCA-3′	P₃
	下游引物	5′-CATGTGAGGGTATCGATGAC-3′	P₄

图1 HCV core区基因扩增产物电泳图

图2 参考序列最大似然进化树

图3 测序序列在进化树中分属的三个基因型

图4 测序序列和参考序列的完整最大似然进化树

图5 HCV 1b子树

图6 HCV 2a子树

图7 HCV 3a子树

图8 序列比对结果

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