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中华实验和临床感染病杂志(电子版)

中华实验和临床感染病杂志(电子版) ›› 2022, Vol. 16 ›› Issue (01) : 54 -59. doi: 10.3877/cma.j.issn.1674-1358.2022.01.008

病例报告

宏基因二代测序协助诊断毛霉菌病一例并文献复习
宋瑛1, 宋江勤1,†(), 胡福英2, 李华顺3, 田友军4, 丁妍5, 周君阳1   
  1. 1. 431700　天门市，天门市第一人民医院检验科
    2. 431700　天门市，天门市第一人民医院呼吸内科
    3. 431700　天门市，天门市第一人民医院病理科
    4. 431700　天门市，天门市第一人民医院影像科
    5. 442000　十堰市，湖北医药学院胚胎干细胞湖北省重点实验室
  • 收稿日期:2021-03-28 出版日期:2022-02-15
  • 通信作者: 宋江勤
  • 基金资助:
    国家自然科学基金青年科学基金项目(No. 81602297); 广西自然科学基金项目青年科学基金项目(No. 2018JJB140322); 2018年度湖北医药学院自由探索基金面上项目(No. FDFR201803)

Metagenomics next-generation sequencing for assisting the diagnosis of mucormycosis: a case report and literature review

Ying Song1, Jiangqin Song1,†(), Fuying Hu2, Huashun Li3, Youjun Tian4, Yan Ding5, Junyang Zhou1   

  1. 1. Laboratory Department, the First People’s Hospital of Tianmen City, Tianmen 431700, China
    2. Respiratory Department, the First People’s Hospital of Tianmen City, Tianmen 431700, China
    3. Pathology Department, the First People’s Hospital of Tianmen City, Tianmen 431700, China
    4. Imaging Department, the First People’s Hospital of Tianmen City, Tianmen 431700, China
    5. Hubei Key Laboratory of Embryonic Stem Cell Research, Hubei University of Medicine, Shiyan 442000, China
  • Received:2021-03-28 Published:2022-02-15
  • Corresponding author: Jiangqin Song
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引用本文：

宋瑛, 宋江勤, 胡福英, 李华顺, 田友军, 丁妍, 周君阳. 宏基因二代测序协助诊断毛霉菌病一例并文献复习[J]. 中华实验和临床感染病杂志(电子版), 2022, 16(01): 54-59.

Ying Song, Jiangqin Song, Fuying Hu, Huashun Li, Youjun Tian, Yan Ding, Junyang Zhou. Metagenomics next-generation sequencing for assisting the diagnosis of mucormycosis: a case report and literature review[J]. Chinese Journal of Experimental and Clinical Infectious Diseases(Electronic Edition), 2022, 16(01): 54-59.

目的

探讨宏基因二代测序（mNGS）协助诊断侵袭性真菌病的临床应用价值，为临床诊断和治疗毛霉菌病提供病原学依据。

方法

通过mNGS技术检测1例患有不明原因肺部感染者的肺泡灌洗液以确定病原体，并根据mNGS检测报告调整其治疗方案。

结果

患者间断胸痛、咳嗽5月余，胸部CT示双肺呈多发性阴影伴空洞形成，肺组织活检提示凝固性坏死，常规实验室及病原学检查均未见异常，行多种抗感染治疗方案均未见明显好转，后取肺泡灌洗液送检mNGS提示病原体为总状横梗霉菌，改用两性霉素B行抗感染治疗后，患者感染病灶缩小，症状明显缓解。

结论

mNGS是鉴定罕见病原体的重要辅助诊断方法，对协助诊断肺部侵袭性真菌病具有重要意义。

关键词: 宏基因二代测序, 侵袭性真菌病, 毛霉菌病, 总状横梗霉菌
Objective

To explore the clinical application value of metagenomics next-generation sequencing (mNGS) in assisting the diagnosis of invasive fungal diseases, and to provide pathogenic evidence for the clinical diagnosis and treatment of mucormycosis.

Methods

The alveolar lavage fluid of a patient with unexplained lung infection was detected by mNGS to determine the pathogen, and the treatment plan was adjusted according to the mNGS test report.

Results

The patient had intermittent chest pain and cough for longer than 5 months. The chest CT showed multiple shadows and cavities in both lungs. There was no abnormality in routine laboratory and pathogenic examinations, and no significant improvement was found after various anti-infection treatments. The mNGS of alveolar lavage fluid submitted for examination revealed that the pathogen was Lichtheimia ramose. After switching to amphotericin B for anti-infection treatment, the patient’s infected lesions shrank and the symptoms relieved significantly.

Conclusions

mNGS is an important auxiliary diagnostic method to identify rare pathogens, which is of great significance to assist the diagnosis of lung invasive mycosis.

Key words: Metagenomic next-generation sequencing, Invasive fungal pneumonia, Mucormycosis, Lichtheimia ramose
表2 患者肺泡灌洗液宏基因二代测序
名称 序列数 相对丰度（%）
属（Genus）    
  诺卡菌属 1 0.20
  横梗霉属 264 53.77
  小克银汉霉属 4 0.82
  葡萄球菌属 25 5.09
  卟啉单胞菌属 31 6.31
种（Species）    
  奶牛乳房炎性诺卡菌 1 0.20
  总状横梗霉菌 260 52.95
  灰色小克银汉霉菌 4 0.82
  表皮葡萄球菌 24 4.89
  牙龈卟啉单胞菌 30 6.11
表1 患者2020年住院期间血常规、C-反应蛋白和ESR
指标 正常参考值 3月26日 3月27日 4月3日 4月24日 8月18日 8月29日 9月23日
白细胞（× 109/L） 3.5~9.5 8.02 6.76 5.57 5.16 10.54 7.54 6.02
中性粒细胞（× 109/L） 1.8~6.3 6.29 5.36 3.98 3.61 9.42 5.87 4.45
中性粒细胞比率（%） 40~75 78.50 79.20 71.40 69.90 89.30 77.90 74.00
淋巴细胞（× 109/L） 1.1~3.2 1.18 0.83 0.84 0.68 0.67 1.13 0.83
淋巴细胞百分比（%） 20~50 14.70 12.30 16.90 13.20 6.40 15.00 13.80
CRP（mg/L） ≤ 6 9.99 11.32 5.15 8.96 35.08 5.77 35.94
ESR（mm/h） 0~20 — 11.00 68.2 — 56.00 30.00 45.00
图1 患者胸部CT注：A：3月26日CT示双肺感染性病变。B：4月22日CT示右下肺见斑片状高密度灶，病灶范围较前明显增大。C：5月29日CT示右上肺及下肺病灶范围无明显缩小。D：8月29日CT示右肺上叶及左肺下叶可见新增磨玻璃样及片状实性高密度影。E：10月1日CT示部分病灶内见空洞形成，磨玻璃影未见。F：10月12日CT示大部分病灶范围稍缩小，右上肺空洞较前缩小
图2 患者肺组织HE染色（× 20）注：A：肺泡腔内见组织细胞有纤维素样渗出物；B：坏死肺泡组织边缘见纤维、血管增生
表3 患者2020年住院期间血钾、尿素和肌酐（mmol/L）
指标 正常参考值 9月21日 9月23日 9月25日 9月27日 9月29日 10月1日 10月5日
血钾 3.5~5.3 4.61 3.22 3.02 2.72 2.91 3.34 3.56
尿素（mmol/L） 3.1~8 4.55 8.63 7.73 7.25 6.35 8.11 8.75
肌酐（mmol/L） 57~97 90.1 140.1 132.7 136.4 127.1 163.4 138.3
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