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  • 肺泡灌洗液宏基因二代测序在儿童重症肺炎中的应用
    孙芳, 王军, 孙钊宁, 余宏川, 杨婷婷, 孙欣荣
    中华实验和临床感染病杂志(电子版) . 2024, 18 (01): 27-34.
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    目的

    分析重症肺炎患儿肺泡灌洗液宏基因组二代测序(mNGS)研究病原体及其在儿童重症肺炎中的应用价值。

    方法

    收集2019年5月至2022年6月于西安市儿童医院呼吸科确诊为重症肺炎患儿的血液及呼吸道样本,将样本同时进行传统病原学和mNGS方法检测,比较两种方法的病原检出率及与临床诊断的符合率,分析重症肺炎患儿肺泡灌洗液mNGS检出病原分布,计数资料(性别、年龄、临床症状、影像学和临床结局,病原体检出阳性率、临床符合率和真阳性率)以构成比或率表示,采用Pearson χ2检验进行分析。

    结果

    共纳入79例重症肺炎患儿,其中男52例、女27例,年龄为1月龄至14岁4月龄;其中肺泡灌洗液mNGS检出阳性率为84.8%(67/79),与临床诊断符合率为73.4%(58/79),真阳性率为86.5%(58/67);传统方法检测病原阳性率为40.5%(32/79),与临床符合率为26.6%(21/79),真阳性率为65.6%(21/32)。mNGS检出阳性率、与临床诊断符合率以及真阳性率均高于传统检测方法,差异具有统计学意义(χ2 = 33.14、P < 0.001,χ2 = 34.66、P < 0.001,χ2 = 5.89、P = 0.015)。细菌为各年龄段(< 6个月、6个月~2岁、2~5岁和> 5岁)重症肺炎最常见病原,差异具有统计学意义(χ2 = 22.05、42.71、37.79、22.77,P均< 0.001),其中以肺炎链球菌最为多见,在5岁以上患儿中肺炎支原体在常见病原体中居第2位。春季和冬季是儿童重症肺炎的高发季节,差异具有统计学意义(χ2 = 12.65、27.24,P均< 0.001)。

    结论

    与常规检测方法相比,重症肺炎患儿应用肺泡灌洗液mNGS检测病原体,可显著提高病原体检出率及临床诊断符合率。肺炎链球菌是儿童各年龄段重症肺炎最常见病原,肺炎支原体是5岁以上儿童重症肺炎的主要病原;儿童重症肺炎多出现在春季和冬季。

病原体 株数 春季(23株) 夏季(23株) 秋季(14株) 冬季(16株)
肺炎支原体 13 1(4.3) 3(13.0) 1(7.1) 8(50.0)
肺炎链球菌 12 6(26.1) 2(8.7) 3(21.4) 1(6.2)
金黄色葡萄球菌 9 2(8.7) 4(17.1) 1(7.1) 2(12.5)
流感嗜血杆菌 8 1(4.3) 4(17.1) 0(0.0) 3(18.8)
铜绿假单胞菌 4 3(13.0) 1(4.3) 0(0.0) 0(0.0)
鲍曼不动杆菌 4 0(0.0) 3(13.0) 1(7.1) 0(0.0)
人博卡病毒 3 1(4.3) 0(0.0) 2(14.3) 0(0.0)
χ2   12.650 8.630 7.770 27.240
P   0.049 0.196 0.255 < 0.001
表4 重症肺炎患儿不同季节mNGS检出主要病原体分布[株(%)]
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